Détection sensible du poliovirus par PCR nichée et séquençage nanopore : une étude prospective de validation

Nature Microbiology volume 8, pages 1634-1640 (2023)Citer cet article

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La détection rapide des flambées épidémiques est nécessaire pour l’éradication du poliovirus, mais la détection de référence en République démocratique du Congo prend 30 jours (médiane). La détection moléculaire directe et le séquençage nanopore (DDNS) du poliovirus dans des échantillons de selles constituent une méthode rapide et prometteuse. Nous rapportons ici les tests prospectifs d'échantillons de selles provenant de cas suspects de polio et de leurs contacts, en République démocratique du Congo entre le 10 août 2021 et le 4 février 2022. Le DDNS a détecté des poliovirus dans 62/2 339 (2,7 %) des échantillons, alors que l'étalon-or La combinaison de culture cellulaire, de PCR quantitative et de séquençage Sanger a détecté des poliovirus dans 51/2 339 (2,2 %) des mêmes échantillons. Le DDNS a fourni une confirmation des cas dans un délai médian de 7 jours (médiane) dans des conditions de surveillance de routine. Le DDNS a permis de confirmer trois flambées de poliovirus circulants de sérotype 2 dérivés d'une souche vaccinale 23 jours (en moyenne) plus tôt (intervalle de 6 à 30 jours) que la méthode de référence. La similarité moyenne des séquences entre les séquences obtenues par les deux méthodes était de 99,98 %. Nos données confirment la faisabilité de la mise en œuvre du DDNS dans un laboratoire national de poliovirus.

Malgré les progrès substantiels réalisés par l'Initiative mondiale pour l'éradication de la poliomyélite (IMEP) depuis sa création en 1988, la poliomyélite reste un problème de santé publique majeur dans les pays à faible couverture vaccinale. Des campagnes de vaccination de masse avec le vaccin antipoliomyélitique oral (VPO) sont utilisées lors des épidémies de poliovirus pour arrêter la transmission. Cependant, la combinaison d’une expédition lente des échantillons de selles, d’un isolement fastidieux du virus par culture cellulaire et d’une capacité de séquençage insuffisante retarde les réponses aux épidémies et réduit l’impact des campagnes de vaccination de masse1,2,3.

En août 2020, il a été déclaré que la Région africaine avait interrompu la transmission du poliovirus sauvage (PVS)4. La vaccination par le VPO a entraîné des épidémies de poliovirus circulant dérivé d'une souche vaccinale (PVDVc), qui se produisent par réversion de mutations atténuantes dans la souche vaccinale vivante. Les souches vaccinales vivantes sont excrétées dans les selles après la vaccination et peuvent se propager dans des populations sous-immunisées, les mutations atténuantes disparaissant au fil du temps5,6. Les épidémies de PVDVc de sérotype 2 (PVDVc2) chez les jeunes enfants sévissent en Afrique et en Asie occidentale, en cette ère post-PVS. En 2020, 959 cas de paralysie causée par le PVDVc2 ont été signalés dans 27 pays, dont 21 pays d’Afrique7 ; en 2021, 692 cas causés par le PVDVc2 et 20 cas par le PVDVc de sérotype 1 ont été signalés dans le monde, principalement en Afrique, notamment au Nigeria et en République démocratique du Congo (RDC)8. En 2022, au moins 843 cas de PVDV ont été signalés, dont 502 en RDC8.

En RDC, 10 ans après le dernier cas de PVS, il y a eu une circulation presque continue du PVDVc2 en raison de l'émergence du PVDVc2 suite à l'utilisation du VPO de sérotype 2 en réponse aux épidémies existantes. Les réponses sont entravées par une surveillance inadéquate et par les longs délais avant que les épidémies soient confirmées. La surveillance du poliovirus repose sur la collecte d'échantillons de selles d'enfants atteints de paralysie flasque aiguë (PFA) et de leurs contacts, ainsi que sur un échantillonnage de l'environnement (eaux usées). Une surveillance efficace du poliovirus repose sur un prélèvement d’échantillons et des tests en laboratoire de haute qualité. Les selles collectées sur un cas de PFA sont considérées comme adéquates pour les tests si deux selles sont collectées à 48 heures d'intervalle, dans les 2 semaines suivant le début de la paralysie, et arrivent par chaîne du froid avec la documentation appropriée. En RDC, la proportion de cas de PFA pour lesquels le prélèvement d’échantillons de selles était inadéquat était de 23 % en 2018 (réf. 8). De plus, les difficultés logistiques liées à l’envoi des échantillons au laboratoire, aux analyses des échantillons en laboratoire et à l’envoi international (vers l’Afrique du Sud) pour le séquençage entraînent des retards dans la détection des épidémies de poliovirus. On estime que le nombre de cas résultant d’une flambée augmente d’environ 12 % (intervalle de crédibilité de 95 % : 5 à 21 %) par semaine supplémentaire9 (moyenne des données pour la Région africaine) en raison de ces problèmes logistiques. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a identifié les retards dans la détection comme l’un des défis majeurs auxquels est confronté le programme d’éradication de la poliomyélite10.